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此后，钢铁侠一行开始追捕从前的战友，这迫使美国队长成立了秘密复仇者组织，一边抵制支持法案的英雄，一边打击犯罪。双方连场冲突，甚至波及无辜，令神奇四侠中的石头人心灰意冷。 一天某工厂发生大火，秘密复仇者前往救援，却进入了钢铁侠的圈套。神盾局领袖希尔下令暂不开火，钢铁侠则劝美国队长放弃抵抗，美国队长不甘屈服，打倒钢铁侠，两派英雄大战起来。激战中雷神索尔破空而来，实际上却是钢铁侠用雷神的头发克隆的假货。
假雷神的神锤砸向秘密复仇者，顷刻便扭转了战局，众人奋力救下美国队长，歌利亚奋战克隆雷神，不敌而死。眼见英雄内讧如此惨烈，隐形女与霹雳火姐弟和神奇先生翻脸，倒戈加入了美国队长一方，帮助众人逃跑。 回到复仇者大厦，众人都为歌利亚的死伤心不已，连钢铁侠都有些灰心，虽然巨像和夜鹰慑于克隆雷神的威力而投降了注册派，但也有不少英雄对钢铁侠和政府失望，倒向了反注册派。眼见战力日减，钢铁侠决定启用霹雳战队，招募反派加入自己阵营。 不久后，关押“战犯”的42号计划暴露出来，使得蜘蛛侠怀疑自己的行为是否正确，决定离开钢铁侠的复仇者，于是钢铁侠派出丑角和南瓜头追赶蜘蛛侠。这两人本是反派，出手极重，眼看要把蜘蛛侠杀死，幸好惩罚者及时赶到，救援了蜘蛛侠。 惩罚者将蜘蛛侠送到美国队长处，并表示也想加入秘密复仇者。众英雄对滥杀的惩罚者心存顾虑，但美国队长还是接纳了他，而康复的蜘蛛侠发表声明，公开反对注册法案。另一边，被俘的夜魔侠被带到42号反物质区的超级罪犯监禁处，钢铁侠劝其入伙，夜魔侠则用犹大收取银币的典故讥讽了托尼。 |
